Бассейн реки Лена представляет собой трансграничную сложно построенную экологическую систему планетарного ранга и на этом пространстве наблюдается существенная вариация факторов экологического риска, которые разделяются на естественные и техногенные. К естественным факторам экологического риска относятся экстремальные климатические условия, наличие криолито-зоны, низкая способность биоты к самовосстановлению и самоочищению от техногенного воздействия, малая мощность и термическая неустойчивость почвенного покрова, наличие устойчивых геохимических аномалий.