she came by train yesterday.( дія в минулому часі значить past simple дієслово come меняє форму на came це неправильне дієслово)
якщо ставимо запитання то: did she come by train yesterday? при постановці запитання в минуломі часі на перше місце ставимо допоміжне дієслово did (auxiliary verb допоміжне дієслово) далі ставимо підмет та значеннєве дієслово в інфінітиві.
she did not come by train yesterday.( при запереченні)