Есть несколько разных причин, вытекающих из одной:
1) Различные страны и их правители даже объединившись в союз с другими странами продолжали преследовать свои политические цели;
2) у разных народов могли быть разные традиции, ценности, язык, культура и религия;
3) Различная экономическая развитость стран, вступивших в конфедерацию.
Но в наше время существует конфедерация Швейцарии, что доказывает, все же, не полную бесперспективность этого типа гос. устройства.