На самом деле кислород -это не всегда двухатомная молекула.
В природе можно встретить свободный атом кислорода, радикал кислорода, ион кислорода и др.
Большинство химических процессов и вопросов объясняются энергией. В природе все так устроено, что возможно только то, что требует минимальных затрат энергии или получения выигрыша в энергии (или и то и другое)
Поэтому это можно объяснить достаточно просто:
Для кислорода находится в виде двухатомной молекулы более энергетически выгодно, чем в свободном состоянии.