Нигер питается водами летних муссонных дождей. В верхнем течении паводок начинается в июне и у Бамако достигает максимума в сентябре - октябре.
Среднегодовой расход воды Нигера в устье 8630 м³/с, годовой сток 378 км³, расходы во время паводков могут достигать 30-35 тыс. м³/с.
Наиболее плодородны земли во внутренней дельте и устьевой дельте реки. Река приносит в год 67 млн тонн ила.