Из-за равномерного стока воды из Ладожского озера у Невы в течение всего года не бывает весеннего подъёма воды и паводков. Замерзает Нева на всём протяжении. Средние сроки замерзания Невы — первая декада декабря, а вскрытия — первая декада апреля. Толщина льда 0,3—0,4 м в черте Санкт-Петербурга, и 0,5—0,6 м за его пределами. В верхнем течении Невы зимой иногда возникают зажоры и заторы льда, из-за этого выше по течению происходят наводнения.
Часты опасные и катастрофические наводнения в результате нагона воды из Финского залива. Юго-западные и западные ветры приводят к нагону воды в Финский залив и подъёму её уровня в низовьях Невы, что вызывает наводнения.