Если на флешке вирус для начала нужен антивирусник желательно версии ближе к последней ну или естественно последней. С помощью него проверить и очистить если он найдет вирус. ( Кстати антивирусник желательно использовать либо Nod32 либо Касперский) а если нет возможностей или антивирусник не видит вирус то тогда только форматирование.