В 1617 г. обе ветви династии Габсбургов заключили тайное соглашение — договор Оньяте, урегулировавший существовавшие разногласия. По его условиям Испании были обещаны земли в Эльзасе и Северной Италии, которые обеспечили бы связь по суше испанских Нидерландов с итальянскими владениями Габсбургов. Взамен испанский король Филипп III отказался от притязаний на корону империи и согласился поддержать кандидатуру Фердинанда Штирийского. Правящий император Священной Римской империи и король Чехии Матиас не имел прямых наследников, и в 1617 г. он принудил чешский сейм признать своим преемником своего племянника Фердинанда Штирийского, ярого католика и воспитанника иезуитов. Он был крайне непопулярен в преимущественно протестантской Чехии, что и послужило поводом к восстанию, переросшему в длительный конфликт.
Заключенный 24 октября 1648 года одновременно в Мюнстере и Оснабрюке мирный договор вошёл в историю под наименованием Вестфальского. Отдельный договор, подписанный несколько ранее, прекращал войну между Испанией и Соединёнными провинциями. Соединённые провинции, а также Швейцария, признавались независимыми государствами. Неурегулированной осталась только война между Испанией и Францией, которая продолжалась до 1659.
По условиям мира, Франция получила Южный Эльзас и лотарингские епископства Мец, Туль и Верден, Швеция — остров Рюген, Западную Померанию и герцогство Бремен, плюс контрибуцию в 5 млн талеров. Саксония — Лузацию, Бранденбург — Восточную Померанию, архиепископство Магдебург и епископство Минден. Бавария — Верхний Пфальц, баварский герцог стал курфюрстом.
емедленным результатом войны явилось то, что свыше 300 мелких германских государств получили полный суверенитет при номинальном членстве в Священной Римской империи. Эта ситуация сохранялась вплоть до конца существования первой империи в 1806 году.
Война не привела к автоматическому краху Габсбургов, но изменила расстановку сил в Европе. Гегемония перешла к Франции. Упадок Испании стал очевиден. Кроме того, Швеция стала великой державой, значительно укрепив свои позиции на Балтике.
Приверженцы всех религий (католицизма, лютеранства, кальвинизма) обрели в империи равные права. Главным итогом Тридцатилетней войны стало резкое ослабление влияния религиозных факторов на жизнь государств Европы. Их внешняя политика стала основываться на экономических, династических и геополитических интересах.
С Вестфальского мира принято вести отсчёт современной эпохи в международных отношениях.