Потому что силы восставших были слабее правительственных войск. И в плане количества, и мастерства. Разрозненность и раздробленность, недостаточная организованность, плохая вооружённость и недостаточная военная подготовленность. Не были преодолены национальная вражда среди восставших и монархические иллюзии.
Несмотря на то, что это восстание было самым мощным в истории России: была охвачена огромная территория, вовлечены сотни тысяч человек, были созданы штаб, военная коллегия, войско делилось на полки, между которыми поддерживалась связь. Войска Пугачёва вооружались не только захваченным в боях оружием, но и получали его организованным путём с заводов Урала. Кроме того, у Пугачёва была политическая программа