Новый император провел ряд реформ для закрепления завоеванного единства.Столицей империи был избран Сяньян в исконных циньских владениях, неподалёку от современного Сианя. Туда были переведены сановники и вельможи всех завоёванных государств, всего 120 тысяч семей. Эта мера позволила циньскому императору взять элиту покорённых царств под надёжный полицейский контроль.По настоятельному совету Ли Сы император во избежание распада государства не стал назначать родственников и приближённых князьями новых земель.С тем, чтобы подавить центробежные тенденции на местах, империю разделили на 36 военных округов цзюнь (кит. трад.郡, пиньинь: jùn), во главе которых назначались управляющие и чиновники. Военные округа дальше подразделялись на области (縣), уезды (鄉), сельские волости из 100 семей (里). В отличие от предыдущих административных систем, структура была строго централизована.Оружие, отобранное у побеждённых князей, было собрано в Сяньяне и переплавлено на огромные колокола. Из оружейного металла было выплавлено также 12 бронзовых колоссов, которые были поставлены в столице.Была проведена реформа под лозунгом «все колесницы с осью единой длины, все иероглифы — стандартного написания» была создана единая сеть дорог, упразднены разрозненные системы иероглифики покоренных царств, введена единая денежная система, а также система мер и весов. Эти меры заложили основу культурного и экономического единства Китая и на тысячелетия пережили недолговечную империю Цинь. В частности, современная китайская йероглифическая письменность восходит именно к циньскому письму.