Елизавета Федоровна очень активно занималась благотворительной деятельностью, которую вела и раньше, но не в таком объеме. Положение генерал-губернаторши давало ей широкую возможность для дел общественного призрения. Если просматривать периодику 1890-х годов, в разделах по благотворительности довольно часто встречается имя Е.И.В. Елисаветы Феодоровны, наряду с прот. И.И.Сергиевым - о. Иоанном Кронштадтским. Самое значительное дело в этот период - Елисаветинское благотворительное общество. «Елисаветинское благотворительное общество, состоящее под Высочайшим покровительством Их Императорских Величеств и под Августейшим попечительством Государыни Великой Княгини Елисаветы Феодоровны, учреждено специально для того, чтобы... призревать законных младенцев беднейших матерей, дотоле помещаемых, хотя без всякого права, в Московский Воспитательный дом, под видом незаконных. Основанное в январе 1892 г., исключительно для столицы, и распространившее в конце того же года, с Высочайшего соизволения, свою благотворительную деятельность и на всю Московскую губернию, Елисаветинское общество встретило теплое сочувствие среди москвичей, что дало ему возможность в короткое время образовать Елисаветинские комитеты при всех 224 московских церковных приходах и открыть таковые же во всех уездных городах Московской губернии» (журнал «Детская помощь», 1894 г.) Деятельность Общества была тщательно спланирована и охватывала детей различных возрастов, обеспечивая их будущее.
Кроме того, Елизавета Федоровна возглавила Дамский комитет Красного Креста, а после гибели супруга она была назначена председательницей Московского управления Красного Креста.