Разлагают органические вещества на более простые соединения. Неорганические вещества также часто изменяются благодаря бактериям. Появившись более чем 3,5 млрд лет назад, бактерии около 1 млрд лет преобразовывали Землю и в конце концов создали условия для существования более сложных организмов. Благодаря бактериям происходит распад растительных и животных остатков. Наряду с другими организмами, бактерии играют важную роль в образовании перегноя и гумуса. Таким образом, бактерии участвуют в образовании почвы. В почве живут различные почвенные бактерии, в клубеньках бобовых растений живут азотфиксирующие бактерии, которые оказывают благоприятное влияние на плодородие почвы, так как насыщают ее азотными соединениями.Важна санитарная роль бактерий. Они очищают загрязненные органикой воды, при этом происходит расщепление органических веществ до неорганических. Такие бактерии используются для очищения сточных вод, в очистных сооружениях.