Змеи имеют сильно вытянутое (часто цилиндрическое, иногда сжатое с боков) туловище без передних конечностей и их поясов (от задних конечностей остаются лишь рудименты в виде коготков по бокам анальной щели у некоторых представителей - Boidae, например), а хвост змей всегда короче остальной части тела. Удлинение туловища повлияло на ограничение его диаметра (и объема), в результате чего внутренние органы (почки, легкие, семенники) заметно вытянулись в длину. По этой же причине у большинства змей часть парных внутренних органов (доли печени, легкие, семенники, яичники) стали несимметричными (левые меньше правых) или непарными. Вместо исчезнувшего левого легкого у некоторых змей (Viperidae, например) возникло маленькое "трахеальное легкое", являющееся расширением задней части трахеи. А у оставшегося правого легкого только передняя часть выстлана дыхательным эпителием и выполняет дыхательную функцию, а задняя же лишь является воздушным резервуаром. Некоторые органы змей редуцировались полностью. Мочевой пузырь, например, сохраняется только в эмбриогенезе (в процессе обмена веществ змеи выделяют кристаллики мочевой кислоты). У них отсутствуют также наружное ухо и барабанная перепонка, теменной орган и грудина, евстахиевы трубы и глазная мигательная перепонка.