Во внутренней политике царевна Софья Алексеевна не раз проявляла свой властный характер. В 1682 г. было жестоко подавлено восстание стрельцов. Попытки воеводы князя И. А. Хованского, возглавлявшего Стрелецкий приказ, поднять стрельцов на бунт против царевны Софьи не увенчались успехом, князь был схвачен и казнен. Расправилась Софья и с раскольниками. Образованная правительница не побоялась самолично вести «прения» с ними, обвиняя в «дерзостном злоречии» . К лету 1682 г. предводители московских «старолюбцев» были арестованы и сложили головы на плахе.
Суровые меры против стрельцов, предпринятые правительством после подавления «хованщины» , поубавили. популярность Софьи и ее приближенных. Позиции энергичной правительницы пошатнулись в результате ее уступок городским посадам, ослабления сыска беглых крестьян, что вызвало недовольство дворянства, нежелания Софьи Алексеевны пойти на ряд реформ в интересах служилого сословия (помещиков) и др.