Особенностью области является неоднородность почвенного покрова. На территории области выделено 35 генетических типов почв: от горно-тундровых и подзолистых на севере области до черноземов и черноземно-луговых на юге.
Преобладают подзолистые и дерново-подзолистые почвы (33,2% всего почвенного покрова), темно-серые почвы распространены на 20% территории. Серые и светло-серые почвы занимают 13,1%. Черноземы (наиболее плодородные почвы) встречаются небольшими массивами на юге и юго-западе области. В горной части распространены горно-таежные и горно-тундровые почвы.
К поймам рек приурочены пойменные почвы, в большинстве своем переувлаженные.
На территории области, особенно в горной ее части и на юго-западе, развита овражно-балочная сеть.
На территории области 2,4 тыс. га средне- и сильноэродированных, преимущественно смывных почв, 229,0 тыс. га эрозионно-опасных и 126,3 тыс. га дефляционно опасных почв.
В результате деятельности ПО "Маяк" почвы загрязнены стронцием-90.