В цитоплазме эвглены зеленой имеется более 20 зеленых овальных хлоропластов, придающих ей зеленый цвет (отсюда и название эвглены - зеленая).
У амёбы цитоплазма окружена наружной мембраной. Она имеет два слоя: наружный (более светлый и плотный) – эктоплазму – и внутренний – эндоплазму.
В цитоплазме инфузории есть две сократительные вакуоли, каждая вакуоль имеет центральную часть и приводящие каналы.