Классифицируют мутации по различным основаниям:
1)по уровню организации генетического материала (ген, хромосома, геном),
2)по месту возникновения (половые или соматические клетки),
3)по характеру проявления (рецессивные или доминантные),
4)по влиянию на организм (полезные или вредные, в т. ч. летальные, т. е. приводящие к гибели организма), в зависимости от причин (спонтанные или индуцируемые).
Изменения структуры генетического материала могут происходить на трёх основных уровнях его организации.