Следующее приглашение молодой, но уже известный музыкант получает в 1761 году от венгерского князя Эстерхази. 30 лет Гайдн возглавляет его придворную капеллу, исполняя обязанности капельмейстера, живет то в княжеском дворце в городе Эйзенштадт, то в его загородном имении "Эстергаз". Он пишет множество различных произведений. Среди них 3 симфонии - " Утро", "Полдень", "Вечер", написанные в течение первого года службы, симфонии с названиями "Философ", "Страдания", "Аллилуйя", "С наигрышем рога", оперы и многое другое. В 1772 году появляются "Траурная" и "Прощальная" симфонии. С 1772 по 1778 год создано много струнных квартетов, в том числе 6 "Солнечных", 6 "Прусских" и 6 "Русских", посвященных будущему императору России Павлу 1.
Произведения композитора исполняют в разных странах Европы - Англии, Франции, России. В 1786 году в Париже прозвучали 6 симфоний, получивших название "Парижские". В 1789 году появляется знаменитая "Оксфордская" симфония. Но несмотря на славу и признание, Гайдн полностью зависим от своего хозяина, не может никуда уехать без его позволения. Композитор часто встречается и музицирует с молодым Моцартом, жившим тогда в Вене.
В 1791 году, после смерти старого князя, его наследник распустил оркестр и назначил 60-летнему Гайдну пенсию. Композитор получил приглашение из Лондона выступить там с концертами и отправился в свое первое заграничное турне. Он два раза посетил Англию. Творческий результат этих поездок - 12 симфоний и 2 оратории - "Сотворение мира" и "Времена года", созданные под впечатлением от музыки Генделя. Университет в г. Оксфорде избрал его своим почётным членом.
Возвращаясь из Лондона через Бонн, Гайдн встречается с юным Бетховеном. Позднее в Вене он будет заниматься с ним композицией.
Последние годы жизни композитор проводит в маленьком домике на окраине Вены.