В 1799 году Крузенштерн направил в военно-морское министерство предложение об организации кругосветного плавания. Необходимость такого предприятия назрела давно. Американские владения России остро нуждались в регулярном и быстром снабжении продуктами, которые до сих пор доставлялись посуху по ужасным дорогам через всю Сибирь в Охотск, где их перегружали на суда и только после этого переправляли в Новый Свет. Столь же непростым был путь американских меховых товаров на рынки Китая. Все это отнимало колоссальное количество времени и средств. По замыслу Крузенштерна, кругосветная экспедиция должна была доказать возможность и целесообразность подобных плаваний для России. А главное, позволяла вплотную заняться изучением Мирового океана и встать в один ряд с такими морскими державами, как Великобритания, Испания и Франция.
Проект Крузенштерна долгое время оставался без ответа и оказался востребованным лишь тогда, когда со схожим предложением к императору обратилась влиятельная и богатая Российско-американская компания (РАК) . Объективности ради надо сказать, что авторство проекта первой русской кругосветной экспедиции не принадлежит ни Крузенштерну, ни РАК, ни уж тем более Резанову — одному из членов Правления РАК. Это продукт коллективного творчества, в разработке которого принимало участие очень много людей. В том числе не последнюю роль сыграли идеи министра коммерции графа Н. П. Румянцева, исследовательская же программа и некоторые инструкции готовились российской Академией наук.
Летом 1802 года высочайшее одобрение проекта организации экспедиции было наконец получено и подготовка к походу началась. В августе состоялось назначение Крузенштерна начальником кругосветного плавания. Интересно, что поначалу он от него отказался — обстоятельства его личной жизни изменились, он женился «и ожидал скоро именоваться отцом» . Позднее Крузенштерн вспоминал, что назначение он принял лишь после разговора с морским министром адмиралом Н. С. Мордвиновым, «объявившем мне, что если я не соглашусь быть сам исполнителем по своему начертанию, то оно будет вовсе оставлено» .
Сегодня то значение, которое придавалось согласию возглавить экспедицию морского офицера, носившего всего лишь звание капитан-лейтенанта, может показаться преувеличенным. На самом же деле на тот момент Крузенштерн, а также капитан-лейтенант Юрий Федорович Лисянский являлись лучшими капитанами русского флота. Судами такого класса, как «Надежда» и «Нева» , Россия почти не располагала и каждый капитан, способный командовать подобным кораблем, был на виду, вращался в высшем свете, словом, являлся человеком известным и авторитетным. Крузенштерну же благоволил сам Александр I.