Его научные труды по геологии Казахстана имеют большое теоретическое и практическое значение. В них получили разработку многие вопросы теории рудообразования и металлогенической науки, одним из создателей которой он являлся. Каныш Имантаевич был родоначальником металлогенического направления в геологии Казахстана. Он разработал комплексный метод формационного металлогенического анализа, а также основные принципы и методьт составления прогнозных металлогенических карт, которые получили всеобщее признание. Под его руководством такие карты были составлены для Центрального Казахстана.