Хм... Смысл разный относительно разных персонажей.
Для начала вся эта история с Понтием Пилатом имеет философскую нагрузку, т.е. именно в этой истории сокрыто наибольшее количество риторических вопросов, вечных проблем веры, трусости, любви, нравственности.
Так же Булгаков проводил параллели ТОГО времени и НАСТОЯЩЕГО. Т.е. отсюда следует, что люди во все времена страдали от одних и тех же проблем, мучались теми же самыми вопросами. "Люди, как люди" - есть такая фраза в романе и она коротко озвучивает значение противопоставления времён.
Дальше по персонажам. Если брать Понтия Пилата, то на его примере мы можем увидеть, как человек может зависить от общественного мнения, пойти против своих убеждений, струсить. А затем, даже получив прощение и отпущение, продолжать карить себя.
Относительно Иешуа. Каждый, конечно, по-своему понимает, но я думаю, что таким образом Булгаков показывает нам - и в наше время есть люди, знающие правду, указывающие нам путь.