Значение:
1. Виды-автотрофы (продуценты)
2. Источник питательных веществ для растительноядных рыб и растительноядного зооплактона
3. Источник поступления органических веществ в водоем
4. Некоторые водоросли являются массовыми и приводят к эвтрофированию (по большей части - синезеленые или цианобактерии)
5. Могут вызвать заболевания человека (гаффская болезнь при накоплении токсинов рыбами, растройство желудочно-кишечного тракта, дерматиты, приступы астмы)
6. Могут вызывать заморы рыб из-за поступления токсичных веществ в воду и исчерпания кислорода в виде при гниении водорослей
7. Ухудшают качество воды (фенолы, биогенные и органические вещества и прочее)
8. Ухудшают вкус, цвет, запах и прозрачность воды
9. Являются накопителями тяжелых металлов, пестицидов и радиоактивных веществ