Корневая система у фасоли развита как правило слабо и распологается в поверхностном слое почвы, только отдельные корни проникают на глубину одного метра. На корнях образуется множество клубеньков, в которых поселяются бактерии, усваивающие свободный азот из воздуха, тем самым происходит обогощение почвы азотом.
Корневая система мочковатого типа.