Существительные третьего склонения, заканчивающиеся на -МЯ, имеют особенности: они во всех падежах, кроме И.п и В.п в ед числе имеют перед окончанием наращение -ЕН-. Раньше все эти слова заканчивались на -ЕН (не знамя, время, пламя, а знамен, пламен, времен). Со временем этот единый звук преобразовался в -Я в двух падежах, в остальных он остался на прежнем месте, так как был не в конце, а стоял перед гласным звуком. Это написание надо запомнить. Таких слов только 10.