Причины:
1) происходят измениения лексических значений слов (которые раньше соотносились как производящее и производное). Крыло - крыльцо: сейчас они не соотносятся, а в древнерусском соотносились. Сейчас мы счмтаем, что крыльцо - непроизводное.
2) изменение звукового состава: поволока, нааволочка, обволакивать, оболочка, облако - однокоренные, но морфологически они разные.
3) выпадение из словарного запаса соотносительных производных основ или родственных слов: сейчас рубаха, лебедка, ямщик - непроизводные, но раньше у них корни были другие (руб - кусок ткани - рубаха, ям - остановка на дороге - ямщик.
4) влияние морфологической структуры "продуктивных" слов на на "непродуктивные": сейчас мы делим слово зонтик% зонт-ик, а раньше это было неделимое слово.