Если тут надо выписать словосочетания, то от главного члена предложения к главному вопрос не задается. То есть должно быть "Птицы перелетали с ветки на ветку"
Перелетали ( куда? ) с ветки на ветку.
А так все остальное верно. И слово перелетали написано правильно!