Борис вел осторожную, продуманную политику. Внутри страны он всячески поддерживал поместное дворянство. Еще в конце правления Ивана Грозного 1581 — 1582 гг. объявляются "заповедными", т. е. в эти годы временно запрещался переход крестьян. В 1597г. правительство Годунова обнародовало указ об "урочных летах" — пятилетнем сроке сыска беглых крестьян, а также указ, по которому люди, попавшие в долговую кабалу (кабальные холопы) и служившие по вольному найму (добровольные холопы) , прикреплялись к своему хозяину до его смерти. Эти меры, обеспечившие феодалов рабочей силой, привели к экономической стабильности, но сделали обстановку в стране взрывоопасной.
Во внешней политике Борис избегал авантюр, стремясь поддерживать мир и согласие с соседями Руси. В 1589 г. он учредил патриаршество в русской церкви, сделав ее тем самым независимой от константинопольских патриархов. Относительно спокойный ход событий был прерван неурожаями и страшным голодом в 1601 — 1603 гг.