Амур образуется слиянием Шилки и Аргуни (за начало реки принято считать восточную оконечность острова Безумный) . В научно-популярной прессе присутствует также мнение, согласно которому истоком реки можно принять безымянный ручей, впадающий в реку Онон, который, сливаясь с рекой Ингода, образует реку Шилка, которая, сливаясь с рекой Аргунь, и образует собственно Амур
Впадает река в Амурский лиман Охотского моря. Относительно принадлежности Амурского лимана к Сахалинскому заливу и, следовательно, Охотскому морю, либо к Татарскому проливу и, соответственно, к Японскому морю, мнения различных авторов расходятся (БСЭ относит Амурский лиман к Татарскому проливу и Японскому морю) . БСЭ указывает, что устьем Амура принято считать створ мысов Озерпах и Пронге на выходе Амура в Амурский лиман