Есть много версий происхождения этой фразы. Но большинство мнений сходится на том, что Сциллой и Харибдой называли скалы на противоположных берегах мессинского пролива.
В мифах Сцилла была вершиной высотой небес, всегда покрытая облаками и мраком. На высоте этой скалы была пещера в которой обитало страшное чудовище.
Харибда - скала на другом берегу пролива, у которой жила злая водяная богиня, которая топила всех морских путешественников в водоворотах.
А эта фраза означает - оказаться между двух опастностей.