Россия лишалась всех завоеваний, сделанных в результате войны, а также земель на границе с Речью Посполитой и приморских балтийских городов (Копорья, Яма, Ивангорода). Территория бывшей Ливонской конфедерации оказалась разделена между Речью Посполитой, Швецией и Данией.
В российской исторической науке с XIX века утвердилось представление о войне как о борьбе России за выход кБалтийскому морю. Ряд современных учёных называют иные причины конфликта.
Ливонская война оказала огромное влияние на события в Восточной Европе и внутренние дела вовлечённых государств. В результате неё закончил своё существование Ливонский орден, война способствовала образованию Речи Посполитой, а Русское царство привела к экономическому упадку.