Бактерії виконують важливу роль укругообігу речовин у природі. Бактерії гниття розкладають органічні рештки до мінеральних речовин, які можуть використовувати рослини. Бактерії, що живуть у ґрунті, забезпечують його родючість. Ціанобактерії та бактерії ґрунту засвоюють азот повітря і збагачують ним ґрунт (бульбочкові бактерії, азотобактер). Утворення нафти та природного газу відбувалося за участі бактерій. Бактерії використовуються у харчовій промисловості — при скисанні молока, виготовленні йогуртів, сирів. З певних груп мікроорганізмів отримують антибіотики, вітаміни тощо. Без бактерій неможливо виготовити волокна з льону, силос із зелених кормів. При очищенні стічних вод застосовують бактерії.
Та бактерії можуть завдати великої шкоди людині та іншим організмам, викликаючи хвороби (ангіна, дифтерія, тиф, туберкульоз та багато інших). Бактерії можуть псувати продукти харчування, виділяючи при цьому отруйні речовини, та викликати захворювання, наприклад, ботулізм у людини.