Смотря где он располагается. Если внутри белок-кодирующих генов, то такие участки называют интроны. Если не в белок-кодирующих генах,то они называются (вообще-то до недавнего времени назывались) мусорной ДНК (junk DNA). Сюда входят и транспозоны, и ретротранспозоны, и различные повторы, и псевдогены и др.