Аскомицеты получили своё название из-за наличия основного органа плодоношения — сумки, содержащей 4 или 8 гаплоидных половых аскоспор.
Базидиомицеты имеют характерный орган спороношения — базидий.
Дейтеромицеты не образуют настоящую филогенетическую группу, а выступают в качестве таксономической «свалки», куда помещают виды, у которых половая стадия размножения отсутствует либо не выявлена.