Шарль Перро родился в семье судьи Парижского парламента Пьера Перро и был младшим из его шести детей (вместе с ним родился и брат-близнец Франсуа, умерший через 6 месяцев). Из его братьев Клод Перробыл известным архитектором, автором восточного фасада Лувра (1665—1680). Учился в университетскомколле́дже Бовэ, который, однако, бросил, не доучившись. Купил лицензию адвоката, но вскоре оставил эту должность и поступил клерком к своему брату архитектору Клоду Перро.
Пользовался доверием Жана Кольбера, в 1660-х годах он во многом определял политику двора Людовика XIV в области искусств. Благодаря Кольберу, Перро в 1663 годуназначен секретарем вновь образованной Академии надписей и изящной словесности. Перро также был генеральным контролером сюринтендатства королевских строений. После смерти своего покровителя (1683) он впал в немилость и потерял выплачивавшуюся ему как литератору пенсию, а в 1695 году лишился и места секретаря.