За способами організації нуклеотидів в ДНК, її можна розділити на наступні фрагменти:
1) структурні гени,
2) регуляторні гени,
3) сателітна ДНК,
4) Спейсерная ДНК,
5) кластери генів;
6) повторювані гени.
Залежно від структури і функцій нуклео-тідні послідовності можуть бути декількох типів. Структурні гени несуть інформацію про структуру певних поліпептидів. З цих ділянок ДНК транскрибується ИРНК, яка направляє синтез білків. Регуляторні гени контролюють і регулюють процес біосинтезу білка. Сателітна ДНК містить велику кількість повторюваних груп нуклеотидів, не мають сенсу і не транскрибируются. Поодинокі гени серед сателітної ДНК, звичайно, мають регуляторну або підсилює вплив на структурні гени. Кластери генів - це групи різних структурних генів у певній ділянці хромосоми, об'єднані спільними функціями. Наприклад, кластери п'яти різних гистонов повторюються 10-20 разів. Між такими кластерами знаходяться великі спейсерние ділянки, не транскрибируются. їх роль до кінця не з'ясована. Повторювані гени - один і той же ген багаторазово повторюється (кілька сотень разів), не відділяючись один від одного, вони створюють тандеми. Наприклад, гени рРНК.
Молекулярна організація генів еукаріот. Встановлення структури генів еукаріот є одним з головних відкриттів кінця XX в. Доведено, що структурний ген, що кодує білок, має дуже складну будову гена