Здесь довольно большой список причин. Например, условия жизни на Земле не везде одинаковые (температура, свет, влажность, наличие/отсутствие кислорода), наличие питательных веществ отличается в разных частях планеты и это сдерживает рост бактерий. Кроме того, бактерии сами являются пищей для некоторых организмов или на них нападают вирусы бактерий -- бактериофаги. Ограничивают увеличение численности бактерий и плесневые грибы, продукты жизнедеятельности которых не дают бактериям бесконтрольно делиться.