Здесь нет аналогии с ухо (не под ушко - это просто народная этимология), подушку подкладывают не только под голову, но и при сидении , поэтому разбираем слово так:
подушк-а: корень-окончание, основа подушк-.
Про исторический разбор: это слово образовалось от подуха с помощью суффикса -К-, поэтому разбор был бы таким: подуш -к-а корень, суффикс, окончание, основа подушк-.