Озеро богато на рыбу и раков. В Ялпуге водится около 40 видов рыб. Большое промышленное значение имеют окунь, щука, сом, красноперка, плотва, бычок, судак и много других. В озере сосредоточены обширные нерестилища карпа, леща и сазана.На озере гнездятся большое количество пернатых. Как правило, это чайки, утки и лебеди. Также вблизи водоема обитают ондатры и суслики.