Теперь в Башкирии законодательно защищены 112 видов животных. В третьем томе Красной книги, посвященном животным, перечислены 29 видов беспозвоночных, 7 - рыб, три - земноводных, 6 - пресмыкающихся, 49 - птиц, 18 видов млекопитающих. Стоит отметить, что 49 видам из этого числа присвоен федеральный природоохранный статус.
В настоящее время на охраняемых природных территориях республики охраняются такие животные, как: лось, марал, косуля, медведь, рысь, бобр, барсук, сурок-байбак, кабан, норка, выхухоль и некоторые другие.
Тем не менее, генофонд фауны становится беднее. По мнению экспертов, за четыре века с территории Башкирии исчезли 10 видов животных. В наших краях перестали водиться тарпан, северный олень, сайгак, росомаха, соболь, черный гриф, белоголовый сип, дрофа, кудрявый пеликан, белорыбица.