Наиболее благоприятны для обитания выхухоли замкнутые пойменные водоёмы (типа стариц) с площадью водного зеркала 0,1—0,5 га, и глубиной 1,3—5,0 м, с участками невысоких, но сухих обрывистых берегов с водной растительностью и близостью пойменного леса.
Большую часть года зверьки живут в норах с одним выходом каждая. Выход открывается под водой. Основная часть хода, расположенного над уровнем воды, идёт почти горизонтально на 2,5—3,0 м и снабжена 2—3 расширениями (камерами). В период половодья камеры затопляются, зверьки их покидают и укрываются тогда на полузатопленных деревьях, в кучах наносов или в неглубоких временных норах, вырытых в незатопленных участках коренного берега. На дне водоёма между входами в две смежные норы проложена траншея, прорезывающая всю толщу ила до песчаной основы.
Летом выхухоли живут поодиночке, парами или семьями, а зимой в одной норе могут жить до 12—13 зверьков разного пола и возраста. Каждый зверёк имеет временно посещаемые норы, расположенные на расстоянии 25—30 м одна от другой. Такое расстояние выхухоль проплывает вдоль соединительной траншеи за нормальный срок её пребывании под водой — за 1 минуту (хотя может задерживаться в толще воды до 3—4 минут).
Когда зверёк передвигается по донной траншее, он постепенно выдыхает набранный в лёгкие воздух в виде вереницы небольших пузырьков. Под давлением воды пузырьки выходят также из толщи мехового покрова. Зимой пузырьки воздуха скапливаются над траншеей под нижней поверхностью льда и постепенно вмерзают в него в виде пустот разной величины. Лёд над траншеей становится пористым и непрочным. За счёт пузырьков воздуха подо льдом над донной траншеей выхухоли создаются условия лучшей аэрации, привлекающей сюда моллюсков, пиявок и мальков. Привлекающее действие на них оказывает, видимо, и запах мускуса, какие-то дозы которого создают над траншеей пахучий след. Выхухоль не мечется по дну водоёма в поисках пищи, а передвигается по системе траншей, к которым её жертвы сами активно стягиваются. При опасных для жизни выхухоли ранних паводках лёд ломается прежде всего по линии с высокой пористостью (над траншеями); через образовавшиеся трещины зверьки уходят от затопления и верной гибели. При нередких зимних подъёмах воды норы выхухоли затапливаются. Лёд, даже если он пористый, не всегда создаёт широкую трещину, достаточную для выхода зверька на поверхность. В затопленной норе выхухоль погибает через 5—6 минут. В сильно засушливые годы пойменные водоёмы мелеют или полностью пересыхают. Отыскать другой водоём — задача для выхухоли не из лёгких. Зверёк практически слепой (контуров не различает), косолапый (длинные пальцы задних ног у него сильно изогнуты). На земной поверхности выхухоль не может быстро передвигаться и становится жертвой хищников.