В водоемах округа обитают 29 видов рыб, относящихся к девяти семействам. Промысловое значение имеют девятнадцать видов, основные из них - муксун, пелядь, чир, пыжьян, нельма, осетр, стерлядь, язь, щука, елец, плотва, окунь, налим.
Жизнедеятельность обских рыб во многом определяется водностью года, длительностью и высотой затопления поймы. Большое влияние на распределение рыб имеет замор - явление обескислороживания воды в зимний период. Причины замора известны. Дело в том, что в водах Оби содержится много органики (до 42 мг/л), на разложение которой расходуется кислород. Кроме того, кислород поглощается закисью железа, попадающей в реки из болот. Замор в Оби начинается в декабре от устья реки Кети и распространяется вниз по течению со скоростью 15 км в сутки. Заморные воды достигают середины Обской губы.
Рыбы приспособлены избегать заморных участков путем миграций. Туводные рыбы (язь, щука, окунь, елец и др.) мигрируют в незаморные верховья притоков или зимуют у "живунов". На магистрали Оби известно более четырехсот "живунов" в Сургутском, Ханты-Мансийском и Октябрьском районах. Отнерестовавшие особи полупроходных рыб зимуют в районе нерестилищ, а молодь и неполовозрелые особи - в Обской губе.
За последние годы отмечено существенное снижение вылова рыбы, особенно осетровых, некоторых сиговых и карповых рыб. Ежегодные потери уловов от антропогенного воздействия в Обь-Иртышском бассейне, по данным СибрыбНИИпроекта, составляют около 6,8 тыс.т.
Интенсивное освоение нефтяных месторождений в Сургутском и Нижневартовском районах привело к сильному загрязнению воды и грунтов в пойменных водоемах и руслах рек. Строительство городов и поселков ведет к увеличению объемов бытовых стоков. Под разработку и обустройство месторождений, строительство газопроводов изымаются большие участки речной поймы, что вызывает сокращение нерестовых и нагульных площадей. Постоянные и временные зимние дороги часто нарушают водотоки, где проходят пути миграции и находятся места зимовки рыб. Зарегулирование стока реки Оби также сказывается на снижении уловов рыб.
.