Современная теория происхождения эукариотического организма - симбиотическая. Когда то митохондрии и пластиды были свободноживущими самостоятельными прокариотическими организмами, которые были поглощены более крупным прокариотом и не переварились, а встроились в клетку, став из самостоятельных организмов клеточными органеллами.