Том первый. Растения Первое издание вышло в Новосибирске в 1998 году. Во второе издание (2006 год; Барнаул) первого тома Красной книги Алтайского края внесены 212 видов растений, нуждающихся в первоочередной охране, в том числе 2 вида плаунов, 4 — мхов, 23 — лишайников, 9 — грибов, 18 — папоротников и 156 — цветковых. ПО каждому виду приводятся описания, карты ареалов, данные по численности популяций, биологии, экологии и географии видов, черно-белые рисунки, принятые и рекомендованные меры охраны.
Том второй. Животные Первое издание (1998) включало 17 видов зверей, 82 — птиц, 3 — рептилий, 2 — амфибий, 4 — рыб и 26 видов насекомых. Во второе издание (2006 год; Барнаул) первого тома Красной книги Алтайского края внесены 20 видов млекопитающих, 84 — птиц, 3 — рептилий, 2 — амфибий, 5 — рыб (добавилистерлядь), 30 видов насекомых (9 видов исключили, но добавили 13), по одному виду других беспозвоночных (медицинская пиявка и паук эрезус цинаберинус)