Влияние человека на животный мир пустынь многосторонне и идет разными путями. Один из этих путей - косвенное влияние через изменение пустынного ландшафта и естественной растительности, в том числе сведение древесно-кустарниковых зарослей (саксаула и кандыма) на топливо. Выпас скота приводит в результате выедания трав и скотосбоя к смене растительного покрова как в песчаных, так и в глинистых пустынях. Вместе с появлением большого количества домашних животных и влиянием их на растительность изменяются и условия жизни многих диких пустынных животных: уплотняется почва, изменяются состав и запасы кормов, первоначально растительного, а затем и животного происхождения, так как смена растительности тотчас отражается на составе видов и численности насекомых. Некоторые пустынные виды исчезают, в то же время появляются новые, свойственные культурному ландшафту, или из немногочисленных становятся массовыми (например, мухи, кровососущие двукрылые и др.) .
Изменения в растительности и населении насекомых отражаются на составе, численности и распределении птиц. Например, в местах выпаса увеличивается численность хохлатых жаворонков, удодов, козодоев и иногда пустынных сычей.
В то же время территории, где растительность сбита скотом, становятся малопригодными для выпаса диких копытных, и, таким образом, площадь естественных пастбищ джейранов, сайгаков и куланов сокращается. Смена растительности и сокращение фитомассы кормов отражаются на составе населения грызунов, на распределении и численности зерноядных птиц.
Охраняются редкие виды животных пустынь. К числу интересных и ценных животных пустынь относятся и некоторые редкие млекопитающие, например: дикие кошки (гепард, каракал, барханный кот) , бараны (аркалы) . Редким называют вид, который обитает в небольшом числе на большой территории.
Охраняются пресмыкающиеся и птицы пустыни.