Служители церкви во всех странах преследовали еретиков и жестоко расправлялись с ними. Страшным наказанием считалось отлучение от церкви. Отлученный от церкви был вне закона: верующие не имели права оказывать ему помощь и давать приют.
Наказывая за непослушание, папа мог наложить на область или даже целую страну запрет исполнять обряды и богослужение (интердикт). Тогда закрывались храмы, младенцы оставались некрещеными, покойников нельзя было отпевать. А значит, и те и другие были обречены на адские муки, чего боялись все верующие христиане.
В области, где было много еретиков, церковь организовывала военные походы, обещая участникам прощение грехов. В начале XIII века феодалы отправились карать еретиков-алъбигойцев в богатые области Южной Франции; их центром был город Альби. Альбигойцы считали, что весь земной мир (а значит, и церковь во главе с папой) - порождение сатаны, а человек может спасти свою душу, только если полностью порвет с греховным миром.
В походе охотно приняли участие северо французские рыцари, рассчитывавшие на богатую добычу. За 20 лет войны многие цветущие города Южной Франции были разграблены и разрушены, а их население перебито. В одном из городов, по словам хрониста, воины истребили до 20 тысяч человек. Когда папского посла спросили, как отличить еретиков от «добрых католиков», он ответил: «Убивайте всех подряд. Бог на небе узнает своих!»