Значительной проблемой моря есть, как и у Днепра, интенсивное «цветение» морской воды в прибрежной полосе, обусловлено выносом с речным стоком удобрений с полей. За последние 15 лет это явление усилилось более чем в 30 раз. Поэтому концентрация кислорода, растворенного в воде и необходимого для всех форм жизни, и прежде всего рыбам, постоянно уменьшается. Вместо этого растет концентрация сероводорода, большая часть которого образуется из фекальных сбросов городов причерноморских стран (их поступает в море - по 8 млрд т в год). Ученые считают, что из-за этого слой живой, без сероводородной воды уменьшается на 3-4 метра в год и через 50-70 лет Черное море может стать мертвым. Большой вред наносят ему хлорорганические вещества - пестициды, соединения тяжелых металлов и прежде всего ртути и свинца, для которых коэффициенты накопления (КН) соответственно составляют для водорослей 17-135 и 2000 моллюсков 130-200 и 2800-12000, рыб 260-1350 и 1600 -135000.