Научное (латинское) название рода, Matricaria («маточная трава»), происходит от латинского matrix («матка»), что объясняется традиционным применением растения при лечении гинекологических заболеваний. Впервые это название использовал швейцарский ботаник и врач Альбрехт фон Галлер (1708—1777).
Римский писатель и учёный Плиний Старший в своём многотомном труде «Естественная история» описал это растение под названием Chamaemellon, название которого происходит от греч. χᾰμαι (chamai, «низко») и μῆλον (mellon, «яблоко»), что объясняется небольшой высотой травы и запахом цветков, напоминающим запах яблок.
Русское название «ромашка» было заимствовано из польского языка и происходит от латинского romana («римская»). Первыми растение так назвали поляки, уже в середине XVI века описав его как «романов цвет»