Флаг разработан на основе герба города, который языком символов показывает природные, исторические и культурные особенности города.
Благодарный был основан во второй половине XVIII столетия выходцами из южных губерний России. Первоначально поселение располагалось на одном берегу реки Буйвола, но со временем разрослось и раскинулось уже на обоих берегах. Старинный мост соединяет две части одного целого, а голубой цвет щита показывает реку Буйволу давшую жизнь степному городу. Мост также символизирует связь прошлого и настоящего, сохранение традиций и преемственность поколений жителей города.
Одной из главных достопримечательностей города, отражённых в гербе является уникальный вид голубей, который был выведен в Благодарном. Птицы с бело-красным оперением являются гордостью местных жителей и известны во всём мире. Существует легенда о появлении Благодарненской породы голубей. Во время русско-турецкой войны казаки из Благодарного штурмом взяли неприятельскую крепость. Отдыхая после боя они обратили внимание на местных голубей красно-коричневого цвета. Уже тогда среди благодарненцев было много голубятников, но голубей они водили только белых. Возвращаясь на родину бойцы захватили "пернатых турок" и с тех пор будто бы и пошла благодарненская порода красно-белых голубей. Голубь - традиционный символ мира, духовности, вдохновения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, взаимопонимания.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Голубой цвет - символ чести, славы, верности и искренности.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда и красоты.
Утвержден решением Благодарненской городской Думы
от 02.03.2006 № 283