Большая часть бактерий - сапрофиты, они разлагают органические вещества до минеральных, которые хорошо усваиваются растениями, и этим самым способствует круговороту веществ. Важна санитарная роль бактерий. Они очищают загрязненные органикой воды, при этом происходит расщепление органических веществ до неорганических. Такие бактерии используются для очищения сточных вод, в очистных сооружениях.