13 апреля 1605 Борис Годунов казался веселым и здоровым, много и с аппетитом ел. Потом поднялся на вышку, с которой нередко обозревал Москву. Вскоре сошел оттуда, сказав, что чувствует дурноту. Позвали лекаря, но царю стало хуже: из ушей и носа пошла кровь. Царь потерял сознание и вскоре умер. Похоронили его в Кремлевском Архангельском соборе. Царем стал сын Бориса — Федор, умный и образованный юноша. Но 1 июня 1605 в Москве вспыхнул мятеж сторонников Лжедмитрия. Федора Годунова и его мать убили, оставив в живых лишь дочь Бориса — Ксению. Ее ждала участь наложницы самозванца. Официально было объявлено, что царь Федор и его мать отравились; тела их выставили напоказ. Затем из Архангельского собора вынесли гроб Бориса и перезахоронили в Варсонофьевском монастыре близ Лубянки. Там же захоронили и его семью без отпевания, как самоубийц.